Калінінградська обласна Дума як законодавчий орган суб’єкта РФ й адміністрація Калінінградської області здійснюють повноваження з питань функціонування особливої економічної зони відповідно до уставу Калінінградської області. Адміністрація Калінінградської області виконує функції адміністрації особливої економічної зони. Вона координує залучення російських й іноземних інвестицій для реалізації зональних інвестиційних проектів, здійснення підприємницької діяльності.
Администрация проводить торги, конкурси, аукціони, а у виняткових випадках, зокрема при інвестуванні унікальних технологій й устаткування, - прямі переговори з окремими російськими й іноземними інвесторами й підприємцями для висновку договорів по реалізації зональних інвестиційних проектів.
Адміністрація може передавати в користування на умовах договору оренди російським й іноземним підприємцям майно, що перебуває у власності Калінінградської області як суб’єкта РФ, у тому числі нерухоме майно.
Відносно стягнення мит й інших платежів, що сплачують при митному оформленні ввезених і товарів, що вивозять, особлива економічна зона розглядається як перебуває в митному режимі вільної митної зони, що має наступні особливості:
• товари, зроблені в особливій економічній зоні й вивозять в інші країни, звільняються від мит й інших платежів, що стягують при митному оформленні товарів, крім митних зборів. До таких товарів не застосовуються міри економічної політики;
• товари, увезені з інших країн в особливу економічну зону, звільняються від ввізних мит й інших платежів, що стягують при митному оформленні товарів, крім митних зборів;
• товари, зроблені в особливій економічній зоні й увезені на іншу частину митної території РФ, звільняються від ввізних мит й інших платежів, що стягують при митному оформленні товарів, крім митних зборів;
• товари, увезені з інших країн в особливу економічну зону й потім увезені на іншу частину митної території РФ, а також на територію Митного союзу, обкладають ввізними митами й іншими платежами при митному оформленні товарів;