• організація здійснення взаємних розрахунків між федеральним бюджетом і бюджетами суб’єктів РФ;
• регулювання фінансових відносин між федеральним бюджетом і державними федеральними позабюджетними фондами, організація контролю за надходженням і використанням федеральних позабюджетних коштів;
• організація й здійснення: короткострокового прогнозування й касового планування коштів федерального бюджету, інших централізованих фінансових ресурсів і напрямків їхнього використання; обліку операцій по русі коштів федерального бюджету, державних федеральних позабюджетних фондів і федеральних позабюджетних коштів на рахунках казначейства; збору, обробки й аналізу інформації про стан федерального бюджету, бюджетів суб’єктів РФ, державних федеральних позабюджетних фондів і федеральних позабюджетних коштів;
• здійснення за дорученнями Уряду РФ і Мінфіну РФ інших операцій з коштами федерального бюджету, іншими коштами, що перебувають у веденні Уряду РФ;
• організація роботи територіальних органів Казначейства по контролі за виконанням федерального бюджету, державних федеральних позабюджетних фондів, надходженням і використанням федеральних позабюджетних коштів;
• керування й обслуговування державного внутрішнього й зовнішнього боргу разом з Банком Росії й інших уповноважених банків, організація й здійснення розміщення на поворотній і платній основі централізованих фінансових ресурсів, що перебувають у веденні Уряду РФ;
• організація й ведення операцій по обліку державної скарбниці.
Органи Казначейства по суб’єктах РФ, а також містам з районним розподілом, що має у своєму підпорядкуванні органи нижчого підпорядкування Казначейства, здійснюють на відповідній території функції, стосовно до функцій, розглянутим вище, крім функцій, що ставляться винятково до обслуговування федерального бюджету, закріпленим за Головним керуванням федерального казначейства.
Органи Казначейства по містах, крім міст районного підпорядкування, районам, районам у Містах виконують наступні функції: