Основні функції митниці:
• здійснення митного оформлення товарів і транспортних засобів і митного контролю;
• здійснення контролю за доставкою товарів і транспортних засобів, що перебувають під митним контролем, і документів на них у місця, обумовлені митними органами РФ;
• здійснення контролю за цільовим використанням умовно випущених товарів і транспортних засобів; за дотриманням обмежень, вимог й умов при умовному випуску товарів і транспортних засобів;
• організація й здійснення митного супроводу товарів і транспортних засобів, що перебувають під митним контролем;
• визначення місця й часу перетинання товарами й транспортними засобами митного кордону РФ;
• нарахування, здійснення перевірки правильності вирахування особами митних платежів, їхнє стягнення;
• контроль за фактичною сплатою особами митних платежів, стягнення несплачених митних платежів, у тому числі в безперечному порядку;
• ухвалення рішення про надання відстрочки або розстрочки сплати митних платежів, митно-тарифних й інших митних пільг;
• застосування механізму забезпечення сплати митних платежів;
• забезпечення правильного відбиття в документах й облік митних платежів, повноти стягнення й своєчасного перерахування коштів у федеральний бюджет;
• здійснення збору, узагальнення й аналіз відомостей про митні платежі;
• здійснення проведення перевірок фінансово-господарської діяльності осіб, що переміщає товари й транспортні засоби через митний кордон РФ, митних брокерів й ін.;
• здійснення діяльності по валютному й експортному контролі; виконання функції агента валютного контролю;
• взаємодія з податковими й фінансовими органами, що перебувають у підвідомчому регіоні, з метою підвищення ефективності стягнення митних платежів, їхнього стягнення, забезпечення своєчасного проходження коштів;
• відкриття поточних рахунків по федеральному бюджеті, сум за дорученнями, інших рахунків у кредитних організаціях, перелік яких визначається ГТК.