Основні завдання Контрольно-рахункової палати:
1) виявлення незаконного, нераціонального й неефективного використання коштів міського бюджету органами державної влади, підприємствами;
2) контроль за законністю й своєчасністю руху коштів міського бюджету у фінансово-кредитних організаціях.
Ці завдання здійснюються також у відношенні утворених галузевих і територіальних позабюджетних фондів.
У процесі виконання міського бюджету й після завершення чергового фінансового року Контрольно-рахункова палата контролює повноту й своєчасність надходжень фінансових коштів у дохідну частину міського бюджету; здійснює перевірки законності й ефективності витрати бюджетних асигнувань по всіх статтях міського бюджету.
По запиті Московської міської Думи Контрольно-рахункова палата готовить і представляє висновки по різних бюджетно-фінансових питаннях, що входить у компетенцію Московської міської Думи.
Контрольно-рахункова палата проводить перевірки й обстеження:
1) фінансово-господарської діяльності в органах державної влади, відомствах, установах й організаціях, фінансованих за рахунок коштів міського бюджету, коштів від продажу й використання міської власності й позабюджетних фондів; на державних й інших підприємствах, що одержує кошти з міського бюджету, кошти від продажу й використання міської власності, з позабюджетних фондів у будь-яких формах, - у частині використання цих коштів;
2) пов’язані із зарахуванням, перерахуванням і використанням коштів міського бюджету, позабюджетних фондів і коштів від продажу й використання міської власності в підприємствах, фінансово-кредитних організаціях.
З доручення Думи або спеціальному рішенню Контрольно-рахункової палати її фахівці беруть участь у перевірках і ревізіях фінансово-господарської діяльності підприємств. За результатами проведених перевірок й обстежень Контрольно-рахункова палата направляє органам державної влади м. Москви подання для вживання заходів по усуненню виявлених порушень, відшкодуванню заподіяного місту збитку й залученню до відповідальності посадових осіб, винних у допущених порушеннях.