Податковими органами є Міністерство РФ по податках і зборам і його територіальні підрозділи. Повноваженнями податкових органів володіють також митні органи.
Податкові органи наділені наступними правами:
1) жадати від платника податків документи, що служать підставами для вирахування й сплати податків, а також пояснення й документи, що підтверджують правильність вирахування й своєчасність сплати податків;
2) проводити податкові перевірки;
3) вилучати по акті при проведенні податкових перевірок у платника податків документи, що свідчать про здійснення податкових правопорушень;
4) викликати на підставі письмового повідомлення в податкові органи платників податків й інших зобов’язаних осіб для подання пояснень у зв’язку зі сплатою ними податків;
5) припиняти операції по рахунках осіб у банках і накладати арешт на майно платників податків й інших зобов’язаних осіб;
6) обстежити будь-які використовувані платником податків для витягу доходу або пов’язані зі змістом об’єктів оподатковування незалежно від місця їхнього знаходження приміщення й території, проводити інвентаризацію приналежному платникові податків майна;
7) визначати суми податків, що підлягають внесенню платниками податків у бюджет, розрахунковим шляхом на підставі даних по інших аналогічних платниках податків у випадках відмови платника податків допустити посадових осіб податкового органа до огляду приміщень і територій, використовуваних платником податків для витягу доходу або пов’язаних зі змістом об’єктів оподатковування, непредставлення податковим органом необхідних для розрахунку податків документів, відсутності обліку доходів і витрат, обліку об’єктів оподатковування або ведення обліку з порушенням установленого порядку, приведшего до неможливості обчислити податки;
8) жадати від платників податків й інших зобов’язаних осіб усунення виявлених порушень законодавства;
9) стягувати недоїмки й пени по податках;
10) надавати платникам податків відстрочки й розстрочки по сплаті санкцій за податкові правопорушення;