• проведення комплексних ревізій і тематичних перевірок за окремими розділами й статтям федерального бюджету, бюджетів федеральних позабюджетних фондів;
• експертизу проектів федерального бюджету, законів й інших нормативних правових актів, міжнародних договорів Російської Федерації, федеральних програм й інших документів, що зачіпають питання федерального бюджету й фінансів РФ;
• аналіз і дослідження порушень і відхилень у бюджетному процесі, підготовку й внесення в Раду Федерації й Державну Думу пропозицій по їхньому усуненню, а також по вдосконалюванню бюджетного законодавства в цілому;
• підготовку й подання висновків у Раду Федерації й Державну Думу по виконанню федерального бюджету й бюджетів федеральних позабюджетних фондів у звітному році;
• підготовку й подання висновків і відповідей на запити органів державної влади РФ.
Контрольні повноваження Рахункової палати РФ поширюються:
1) на державні органи й установи в РФ, на федеральні позабюджетні фонди;
2) на органи місцевого самоврядування, підприємства, організації, фінансово-кредитні організації, їхньому об’єднанні, якщо вони одержують, перераховують, використають кошти з федерального бюджету або використають федеральну власність або управляють нею, а також мають надані федеральним законодавством або федеральними органами державної влади податкові, митні й інші пільги й переваги.
На діяльність недержавних некомерційних організацій контрольні повноваження Рахункової палати РФ поширюються в частині, пов’язаної з одержанням, перерахуванням або використанням ними коштів федерального бюджету, використанням федеральної власності й керуванням нею, а також у частині наданих федеральним законодавством або федеральними органами державної влади податкових, митних й інших пільг і переваг.
У процесі виконання федерального бюджету Рахункова палата РФ контролює повноту й своєчасність грошових надходжень, фактична витрата бюджетних асигнувань у порівнянні із законодавчо затвердженими показниками федерального бюджету, виявляє відхилення й порушення, проводить їхній аналіз, вносить пропозиції по їхньому усуненню. Рахункова палата РФ щокварталу представляє Федеральним Зборам РФ оперативний звіт про хід виконання федерального бюджету, у якому наводяться фактичні дані про формування доходів і зроблених витрат у порівнянні із затвердженими федеральним законом про федеральний бюджет на поточний рік показниками за минулий період, квартал.