Варто звернути особливу увагу на сплачені суми ПДВ, які не виключаються із загальної податкової суми, що підлягає внеску в бюджет. Це ставиться:
1) до товарів, використаним на невиробничі потреби, по яких сплата податку провадиться за рахунок відповідних джерел фінансування, а також по легкових автомобілях, що здобувають службовим, і мікроавтобусам. Це не поширюється на колгоспи, радгоспи, селянські (фермерські) господарства, міжгосподарські й інші сільськогосподарські підприємства й організації, у яких суми ПДВ по товарах, використаним на невиробничі потреби, підлягають відрахуванню;
2) до товарів, використаним при здійсненні операцій, звільнених від податку. Суми податку, сплачені постачальникам по таких товарах, ставляться на собівартість;
3) до основних коштів і нематеріальних активів, що здобувають за рахунок бюджетних асигнувань, що вводять в експлуатацію закінченим капітальним будівництвом об’єктам незалежно від джерела фінансування. Суми сплаченого податку в цьому випадку ставляться на збільшення їхньої балансової вартості.
Може виникнути ситуація, коли має місце перевищення сум податку по товарно-матеріальних цінностях, вартість яких фактично віднесена на собівартість, а також по основним коштам і нематеріальним активам над сумами податку, обчисленими по реалізації товарів. У цьому випадку виникаюча різниця зараховується за рахунок або відшкодовується за рахунок загальних платежів податків у десятиденний строк від дня одержання розрахунку за відповідний звітний період. Такий же порядок заліку або відшкодування сум податку, сплачених постачальникам, застосовується: при реалізації експортованих товарів і товарів і послуг, призначених для офіційного користування іноземних дипломатичних і прирівняних до них представництв; при реалізації дорогоцінних металів відносно підприємств по їхньому видобутку.
Вирахування податку по товарах, увезеним на територію РФ, провадиться по ставках, установленим для вітчизняних товарів.
Іноземні підприємства, що складаються на обліку в податковому органі, при реалізації товарів на території РФ обчислюють і сплачують ПДВ у загальновстановленому порядку. При реалізації товарів на території РФ іноземними підприємствами, що не складаються на обліку в податковому органі, ПДВ сплачується в бюджет російськими підприємствами за рахунок коштів, що перераховують іноземним підприємствам або іншим особам, зазначеним цими іноземними підприємствами. При цьому послу сплати податку російськими підприємствами іноземні підприємства мають право на відшкодування сум податку, фактично сплачених у бюджет при ввозі товарів на територію РФ, а також по матеріальних ресурсах виробничого призначення в порядку, установленому Госналогслужбой РФ за узгодженням з Мінфіном РФ.