Виконання федерального бюджету здійснюється на основі відбиття всіх операцій і коштів федерального бюджету в системі балансових рахунків Федерального казначейства. У процесі виконання федерального бюджету забороняється здійснення операцій, минаючи систему балансових рахунків Федерального казначейства. Право відкриття й закриття рахунків федерального бюджету, визначення їхнього режиму належить Федеральному казначейству. Єдиний рахунок федерального бюджету перебуває в Банку Росії.
З метою керування коштами федерального бюджету, державним боргом і здійснення платежів Федеральному казначейству надане право відкривати й закривати інші рахунки федерального бюджету.
Рахунку Федерального казначейства в Банку Росії й кредитних організацій ведуться на підставі договорів, що укладають і виконують у відповідності із законодавством. Відкриття й закриття рахунків федерального бюджету, зміна їхнього режиму провадяться при наявності відповідного рішення Федерального казначейства.
Виконання федерального бюджету по доходах передбачає:
• перерахування й зарахування доходів федерального бюджету на єдиний рахунок федерального бюджету;
• розподіл відповідно до затвердженого федерального бюджету федеральних регулюючих податків;
• повернення зайво сплачених сум доходів;
• облік доходів федерального бюджету й звітність про доходи федерального бюджету відповідно до бюджетної класифікації.
Зведений бюджетний розпис федерального бюджету складається Мінфіном РФ і затверджується міністром протягом 15 днів від дня прийняття федерального закону про федеральний бюджет. Затверджений зведений бюджетний розпис федерального бюджету передається на виконання Федеральному казначейству й направляється для відомості у Федеральні Збори РФ і Рахункову палату РФ.
В цілях виключення прийняття до фінансування витрат і здійснення платежів, не передбачених затвердженим федеральним законом про федеральний бюджет або не забезпечених надходженнями доходів і коштами запозичень федерального бюджету, діють процедури санкціонування витрат федерального бюджету: