З метою реструктуризації заборгованості федерального бюджету перед бюджетами суб’єктів РФ була дозволена передача суб’єктам РФ, що перебувають у федеральній власності й підметах продажу акцій акціонерних товариств, утворених у процесі приватизації. Уряд РФ за узгодженням із суб’єктами РФ проводило залік вартості цих акцій як надходжень коштів від приватизації й витрат федерального бюджету по взаємних розрахунках й іншим переданим у бюджети суб’єктів РФ коштам в обсязі, установленому у федеральному бюджеті.
В 1996 р. вжиті важливі заходи по вдосконалюванню державного фінансового контролю. Як головні пріоритети були визначені:
• контроль за повним і своєчасним надходженням всіх видів державних доходів, страхових внесків у Пенсійний фонд РФ й інші федеральні позабюджетні фонди, а також позикових коштів, що направляють на фінансування дефіциту федерального бюджету;
• контроль за своєчасним фінансуванням витрат на соціальну сферу по обсягах, структурі й цільовому призначенню, у тому числі на оплату праці й грошове постачання, виплату пенсій, стипендій, допомог й інші соціальні виплати.
У зв’язку із загостренням фінансової ситуації була створена Тимчасова надзвичайна комісія при Президенті РФ по зміцненню податкової й бюджетної дисципліни. Цілями Комісії було забезпечення стягнення податків й інших обов’язкових платежів в обсягах, необхідних для своєчасного й повного фінансування захищених поточних витрат федерального бюджету, державної підтримки науки й культури, виплати пенсій і соціальних допомог, а також повного фінансування федеральної судової системи.
Основні завдання Комісії: контроль за своєчасністю й повнотою сплати податків, митних й інших обов’язкових платежів; розробка мер по забезпеченню стягнення податків й інших обов’язкових платежів у повному обсязі; забезпечення законності й ефективності діяльності податкових і митних органів, а також органів податкової поліції; контроль за своєчасним і цільовим використанням коштів федерального бюджету й державних позабюджетних фондів.